"El Clementinum es mencionado en "El milagro secreto" de Jorge Luis Borges. El personaje principal tiene un sueño de la biblioteca del Clementinum donde los bibliotecarios buscan a Dios en los libros de la biblioteca. Uno de los bibliotecarios dice: Dios está en una de las letras de una de las páginas de uno de los cuatrocientos mil libros del Clementinum. Mis padres y los padres de mis padres han buscado esta letra; yo mismo me he quedado ciego buscándola. Entonces entra un lector y entrega un atlas al personaje principal, diciéndole que no sirve para nada. El personaje principal abre el libro al azar, y encuentra un mapa de la India, toca una de sus letras y encuentra a Dios".
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